Заболевание важно отличать от первоначального ремоделирования кости после имплантации и раннего нарушения остеоинтеграции — формирования контакта между костью и поверхностью имплантата. Само по себе изменение уровня кости ещё не устанавливает диагноз: врач оценивает признаки воспаления, исходные показатели и их динамику.

Слизистая вокруг имплантата формирует барьер между полостью рта и глубжележащими тканями. Однако её устройство отличается от тканей вокруг естественного зуба. У имплантата отсутствует периодонтальная связка. Соединительнотканные волокна не внедряются в его поверхность так, как они прикрепляются к цементу корня зуба. Отличаются также расположение волокон и кровоснабжение окружающих тканей.

Эти особенности влияют на местную защиту и распространение воспаления. При этом имплантат может длительно функционировать без заболевания: анатомические различия сами по себе не означают неизбежного развития периимплантита.